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A pouco tempo tive o desprazer de encontrar um arquivo .mp3 enorme, que era um CD ripado em apenas um arquivo, e junto com este, um arquivo .cue, o qual indicava a posição temporal de cada faixa naquele arquivo .mp3 (sorte a minha, pois no meu último encontro com este tipo de mp3 não havia o .cue).
E para dividir o arquivo em partes menores usei o Mp3splt.

O projeto Mp3Splt é um utilitário para dividir arquivos mp3 e ogg selecionando o tempo de início e o de término, sem decodificá-los. É muito útil para dividir grandes mp3/ogg em pequenos arquivos ou dividir álbuns inteiros para obter as faixas originais. Se quiser dividir um álbum, você pode selecionar os pontos de divisão e os nomes dos arquivos manualmente ou você pode obtê-los automaticamente do CDDB (pela Internet ou de um arquivo local) ou de arquivos .cue. Suporta também a divisão automática pelo silêncio, que pode ser usado para ajustar os pontos de divisão do cddb/cue. Você pode extrair as faixas de arquivos Mp3Wrap ou AlbumWrap em poucos segundos. O projeto Mp3splt é dividido em 3 partes: libmp3splt, mp3splt e mp3splt-gtk.

E o melhor de tudo é que além do habitual source tarball há Slackbuilds! Além de versões para Windows e Mac OS X.
A instalação não é nada complicada (no meu caso apenas um “./mp3splt.SlackBuild” , a interface é em inglês, mas isso não atrapalha, pois é intuitiva.

Referência: Mp3splt – mp3 and ogg splitter